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Calcul Québec

Calcul Québec, Université Laval

Sept 13,20, 2016

8:30 am - 5:00 pm

Instructeurs: Maxime Boissonneault, Félix-Antoine Fortin, Jean-Philippe Dionne

Assistants: Félix-Antoine Fortin, Jean-Philippe Dionne, Maxime Boissonneault, Julie Faure-Lacroix

Informations génériques

La mission de Software Carpentry est d'aider les scientifiques et ingénieurs à accélérer et faciliter le travail de recherche en leur enseignant des compétences de base en calcul scientifique. Cet atelier pratique couvre des concepts et outils de base, incluant le design de programmes, la gestion de révisions, la gestion de données, et l'automatisation de tâches. Les participants seront encouragés à s'entraider et à appliquer ce qu'ils ont appris à leur propre problématique de recherche.

Pour davantage d'information sur la façon dont nous enseignons et le raisonnement derrière, voir l'article (en anglais) "Best Practices for Scientific Computing".

Qui: L'atelier s'adresse principalement aux étudiants aux cycles supérieures et autres chercheurs.

Où: Local PLT-3966, 1065, avenue de la Médecine, Québec, Qc. Obtenez les informations pour vous rendre à l'événement OpenStreetMap ou Google Maps.

Prérequis: Les participants doivent apporter leur propre ordinateur de préférence. Il est aussi recommandé d'installer les logiciels suivants. Des accès à un serveur de calcul de Calcul Québec seront fournis lorsque nécessaire. Les participants doivent aussi adhérer au code de conduite de Software Carpentry (en anglais).

Contact: Veuillez contacter support@calculquebec.ca pour avoir davantage d'informations.


Horaire

Jour 1, 13 septembre

08:30 Automatiser des tâches avec la ligne de commande Unix
10:30 Pause
12:00 Dîner
13:30 Premiers pas sur les serveurs de calcul
14:30 Pause
16:30 Conclusion

Jour 2, 20 septembre

08:30 Gestion des révisions avec Git
10:30 Pause
12:00 Dîner
13:30 Introduction à la programmation avec R
14:30 Pause
16:30 Conclusion

Etherpad: http://pad.software-carpentry.org/CQ-SWC-20160913.
Nous utiliserons cet Etherpad pour discuter, prendre des notes, et partager des adresses et extraits de code.


Plan de cours

Ligne de commande Unix

  • Introduction à la ligne de commande
  • Arborescence de fichiers et répertoires
  • Création, suppression et gestion de fichiers et répertoires
  • Combinaisons de commandes, redirections et filtres
  • Boucles
  • Scripts bash
  • Recherche de fichiers
  • Référence...

Introduction à la programmation avec R

  • Analyser des données
  • Créer des fonctions
  • Analyses répétitives avec des boucles
  • Faire des choix (conditions)
  • R en ligne de commande
  • Bonnes pratiques de programmation R
  • Reference...

Gestion de révisions avec Git

  • Introduction à la gestion des révisions
  • Configuration de Git
  • Créer un dépôt
  • Suivre les révisions
  • Explorer l’historique
  • Ignorer certains fichiers
  • Dépôts distants
  • Collaborer
  • Gestion des conflits
  • Science ouverte, licences et hébergement
  • Référence...

Premiers pas sur les serveurs de calcul

  • Introduction au calcul informatique de pointe
  • Vocabulaire, composantes d’un ordinateur et structure d’une grappe de calcul
  • Transfert de fichiers à partir de/vers la grappe de calcul avec Globus
  • Utilisation de modules
  • Utilisation de l’ordonnanceur et soumission de tâches

Installation

Cet atelier Software Carpentry workshop utilisera un serveur de calcul de Calcul Québec. Pour y accéder à partir de Windows, nous vous recommandons d'installer MobaXterm qui offre une solution tout en un. Pour transférer des fichiers sur la grappe de calcul, vous aurez besoin du client Globus personnel

Installation sur votre propre ordinateur

En plus des outils ci-dessus, nous vous demandons d'installer les logiciels suivants (instructions en anglais).

We maintain a list of common issues that occur during installation as a reference for instructors that may be useful on the Configuration Problems and Solutions wiki page.

The Bash Shell

Bash is a commonly-used shell that gives you the power to do simple tasks more quickly.

Windows

Install Moba Xterm by downloading and running the installer. Make sure you choose the installer version (not the standalone one).

Mac OS X

The default shell in all versions of Mac OS X is bash, so no need to install anything. You access bash from the Terminal (found in /Applications/Utilities). You may want to keep Terminal in your dock for this workshop.

Linux

The default shell is usually Bash, but if your machine is set up differently you can run it by opening a terminal and typing bash. There is no need to install anything.

Git

Git is a version control system that lets you track who made changes to what when and has options for easily updating a shared or public version of your code on github.com. You will need a supported web browser (current versions of Chrome, Firefox or Safari, or Internet Explorer version 9 or above).

Windows

Git can be installed in Moba Xterm by starting the software, then clicking on "Start local terminal", and finally by typing the command "apt-cyg install git" and pressing the Enter key. This will download git and all of its dependencies, and install it within Moba Xterm. This installation requires an active internet connection.

Mac OS X

For OS X 10.9 and higher, install Git for Mac by downloading and running the most recent "mavericks" installer from this list. After installing Git, there will not be anything in your /Applications folder, as Git is a command line program. For older versions of OS X (10.5-10.8) use the most recent available installer labelled "snow-leopard" available here.

Linux

If Git is not already available on your machine you can try to install it via your distro's package manager. For Debian/Ubuntu run sudo apt-get install git and for Fedora run sudo yum install git.

Text Editor

When you're writing code, it's nice to have a text editor that is optimized for writing code, with features like automatic color-coding of key words. The default text editor on Mac OS X and Linux is usually set to Vim, which is not famous for being intuitive. if you accidentally find yourself stuck in it, try typing the escape key, followed by :q! (colon, lower-case 'q', exclamation mark), then hitting Return to return to the shell.

Windows

nano is a basic editor and the default that instructors use in the workshop. To install it, inside Moba Xterm, click on "Start local terminal", and type the command "apt-cyg install nano" This will download nano and all of its dependencies, and install it within Moba Xterm. This installation requires an active internet connection.

Others editors that you can use are Notepad++ or Sublime Text. Be aware that you must add its installation directory to your system path. Please ask your instructor to help you do this.

Mac OS X

nano is a basic editor and the default that instructors use in the workshop. It should be pre-installed.

Others editors that you can use are Text Wrangler or Sublime Text.

Linux

nano is a basic editor and the default that instructors use in the workshop. It should be pre-installed.

Others editors that you can use are Gedit, Kate or Sublime Text.

R

R is a programming language that is especially powerful for data exploration, visualization, and statistical analysis. To interact with R, we use RStudio.

Windows

Install R by downloading and running this .exe file from CRAN. Also, please install the RStudio IDE.

Mac OS X

Install R by downloading and running this .pkg file from CRAN. Also, please install the RStudio IDE.

Linux

You can download the binary files for your distribution from CRAN. Or you can use your package manager (e.g. for Debian/Ubuntu run sudo apt-get install r-base and for Fedora run sudo yum install R). Also, please install the RStudio IDE.